Το Ελεγκτικό Συνέδριο ασκεί προσυμβατικό έλεγχο νομιμότητας στις προγραμματικές συμβάσεις δήμων και νομικών προσώπων τους, όταν ο προϋπολογισμός υπερβαίνει συγκεκριμένα όρια. Κατά των αποφάσεων των επιτρόπων χωρεί προσφυγή ανάκλησης ενώπιον τμήματος, ενώ κατά απόφασης του Τμήματος προσφυγή αναθεώρησης, η οποία εξετάζεται από Τμήμα επταμελούς σύνθεσης. Η ΔΑΕΜ ΑΕ είναι αναπτυξιακή εταιρεία του Δήμου Αθηναίων που δραστηριοποιείται στην ανάπτυξη πληροφοριακών συστημάτων και τεχνολογιών, ενώ έχει υπογράψει προγραμματικές συμβάσεις με τον Δήμο Αθηναίων που έχουν εγκριθεί από το Ελεγκτικό Συνέδριο.
Συχνό πρόβλημα στον έλεγχο προγραμματικών συμβάσεων είναι ότι δεν αποτελούν γνήσιες προγραμματικές συμβάσεις αλλά συμβάσεις απευθείας ανάθεσης παροχής υπηρεσιών. Η υποστήριξη των ΟΤΑ μέσω προγραμματικών συμβάσεων πρέπει να διατηρεί επικουρικό χαρακτήρα και να μην εξικνείται στην καθολική υποκατάσταση του προσωπικού και των αρμοδιοτήτων του Δήμου. Πρόσφατα, προγραμματική σύμβαση του Δήμου Αθηναίων διάρκειας 30 μηνών για προσαρμογή στο ΠΔ 54/2018 απορρίφθηκε από το Ελεγκτικό Συνέδριο, γεγονός που υπογραμμίζει τη σημασία της τεκμηρίωσης και της συμμόρφωσης με τις νομικές προϋποθέσεις.
