Η αποκομιδή απορριμμάτων αποτελεί βασική δημοτική υπηρεσία που διέπεται από την εθνική και ευρωπαϊκή νομοθεσία για τη διαχείριση αστικών στερεών αποβλήτων. Οι δήμοι είναι υποχρεωμένοι να διασφαλίζουν την αποκομιδή και μεταφορά των σύμμεικτων αστικών απορριμμάτων σε εγκεκριμένους χώρους διάθεσης, σύμφωνα με τις κείμενες εθνικές και ευρωπαϊκές διατάξεις. Οι σχετικές συμβάσεις ανατίθενται συνήθως μέσω ηλεκτρονικών διαγωνισμών και καλύπτουν πολυετείς περιόδους.
Η Σαμοθράκη αντιμετωπίζει ιδιαίτερες προκλήσεις στη διαχείριση απορριμμάτων λόγω της νησιωτικής της θέσης. Για τη διαχείριση των απορριμμάτων στη Σαμοθράκη προβλέπεται διαλογή στην πηγή, ανακύκλωση, κομποστοποίηση, μηχανική διαλογή και ΧΥΤΥ για τα υπολείμματα επεξεργασίας. Οι δημότες πληρώνουν από τα υψηλότερα δημοτικά τέλη στην Ελλάδα, καθώς η διαχείριση είναι πανάκριβη λόγω του νησιωτικού και ορεινού χαρακτήρα του προορισμού. Από την ανάληψη των καθηκόντων της δημοτικής αρχής έχουν απομακρυνθεί συνολικά 820 τόνοι ογκωδών απορριμμάτων, με στόχο την προστασία του περιβάλλοντος, της δημόσιας υγείας και του φυσικού τοπίου της Σαμοθράκης.
