Τα σχολικά κυλικεία λειτουργούσαν μέχρι πρόσφατα με βάση την υγειονομική διάταξη του 2013, ενώ από τη σχολική χρονιά 2026-2027 εφαρμόζεται νέα υπουργική απόφαση του Υπουργείου Υγείας. Οι βασικές αλλαγές περιλαμβάνουν την πλήρη απαγόρευση των αλλαντικών, την υποχρεωτική μείωση των μερίδων σε συγκεκριμένα είδη και την απόλυτη απαγόρευση της διάθεσης αναψυκτικών. Απαγορεύονται πλέον ακόμη και η βραστή γαλοπούλα που μέχρι πρότινος επιτρεπόταν, περιορίζονται οι μερίδες σε αρτοσκευάσματα, ενώ μπαίνουν αυστηρότεροι περιορισμοί στα επεξεργασμένα τρόφιμα και δεν έχουν πλέον θέση προϊόντα όπως πατατάκια, μπισκότα, ποπ κορν, παγωτά και σοκολάτα υγείας.
Οι νέες ρυθμίσεις στοχεύουν στην αντιμετώπιση της παιδικής παχυσαρκίας και επιβάλλουν αυστηρότερες προδιαγραφές τόσο για τη σύνθεση των τροφίμων όσο και για τη λειτουργία των κυλικείων. Προβλέπονται τακτικοί υγειονομικοί έλεγχοι, υποχρεωτική εκπαίδευση των χειριστών τροφίμων, ενώ η λειτουργία των κυλικείων πρέπει να συμμορφώνεται με τις αρχές HACCP. Οι περιορισμοί στα επιτρεπόμενα προϊόντα έχουν επιπτώσεις στην οικονομική βιωσιμότητα των κυλικείων, γεγονός που οδηγεί πολλούς δήμους να εξετάζουν μειώσεις μισθωμάτων για να στηρίξουν τους εκμεταλλευτές.
Η αρμοδιότητα ανάθεσης λειτουργίας και εκμετάλλευσης των κυλικείων των δημόσιων σχολείων ασκείται από τη Δημοτική Επιτροπή, ενώ σε περίπτωση που υφίστανται Σχολικές Επιτροπές, η αρμοδιότητα ασκείται αποκλειστικά από αυτές. Τα μισθώματα των σχολικών κυλικείων αποτελούν έσοδο του Δήμου ή της αρμόδιας Σχολικής Επιτροπής και εισπράττονται και διατίθενται κατά τις ισχύουσες διατάξεις.
