Η οδική ασφάλεια αποτελεί κρίσιμο ζήτημα για τα Χανιά, με σημαντική μείωση στα τροχαία ατυχήματα κατά το πρώτο τετράμηνο του 2026 χάρη σε εντατικούς ελέγχους και ενημερωτικές δράσεις. Ωστόσο, από τον Ιανουάριο έως τον Ιούνιο του 2026 βεβαιώθηκαν 10.503 παραβάσεις, με περισσότερες από 3.000 να αφορούν παραβάσεις στάθμευσης. Ο Δήμος Χανίων υλοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα όπως το "Δείξε μου τον δρόμο" στα Λύκεια για την ενίσχυση της οδηγικής παιδείας.
Η θαλάσσια ρύπανση στην περιοχή του Αγίου Ονουφρίου αποτελεί επαναλαμβανόμενο πρόβλημα. Περιστατικό ρύπανσης πιθανόν από σεντινόνερα σημειώθηκε το πρωί του Σαββάτου, ενώ λουόμενοι διατύπωσαν παράπονα για μεγάλη κηλίδα που είχε σχηματιστεί. Παρόμοια περιστατικά έχουν καταγραφεί και στο παρελθόν με διαρροές λυμάτων.
Η φέρουσα ικανότητα αφορά πόσους επισκέπτες μπορεί να "αντέξει" ένας τουριστικός προορισμός χωρίς να επηρεαστούν αρνητικά οι φυσικοί πόροι. Ο Μπάλος, κορυφαίος πόλος έλξης για χιλιάδες επισκέπτες, βρίσκεται αντιμέτωπος με τις συνέπειες της αυξανόμενης τουριστικής πίεσης, με επισκέπτες να εκφράζουν ανησυχία για την αλλοίωση της εμβληματικής λιμνοθάλασσας. Η λιμνοθάλασσα έχει ενταχθεί στις προστατευόμενες περιοχές Natura, γεγονός που καθιστά επιτακτική την ισορροπία μεταξύ τουριστικής ανάπτυξης και περιβαλλοντικής προστασίας.